2013年3月23日土曜日

Synapticパッケージマネジャー(Linux OS, Ubuntu)

Ubuntu(Linux OSの1つ)でのみ利用できる便利ツールの紹介です。

Ubuntuには「Synapticパッケージマネジャー」と呼ばれるグラフィカルなパッケージ管理ツールをインストールすることができます。

このツールを使うことで、ソフトウェアのダウンロード・インストールから、ソフトウェアのアップデート、削除まで行うことができます。(もちろん、パスも自動的に通してくれます。)

バイオ系のソフトウェアもこのSynapticパッケージマネジャーでインストール可能なので、かなり便利です。

ただ、このツール上でインストールするソフトが最新のものでない可能性があるので、注意が必要です。

〈バイオ系のソフトウェア一覧〉
・bedtools
・fastx-toolkit
・Picard
・bowtie
・cufflinks
・ncbi-blast+
などなど

※いずれもSynapticパッケージマネジャーでインストール可能なもののみ。

〈インストール方法〉
(1)Ubuntuの「Ubuntuソフトウェアセンター」で「Synapticパッケージマネジャー」で検索。

(2)候補が出てくるので、「Synapticパッケージマネジャー」を選択し、「インストール」ボタンをクリックする。

〈ソフトウェアのインストール方法〉
(1)Synapticパッケージマネジャーを起動すると、「Authentication is required to run the Synaptic Package Manager」というウインドウが最初に開くので、認証パスワードを入力。

(2)「クイック検索」欄でインストールしたいソフトの名前を入力し検索。

(3)インストールしたいにチェックをつける。

(4)上部のリボンにある「適用」ボタンをクリックするだけでインストールが自動で行われる。

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