Sequence Logoの作成（WebLogoを使ってみた）

シークエンスロゴ（Sequence Logo）とは、特定の部位における塩基もしくはアミノ酸の保存性（もしくは出現頻度）を視覚化した図のことです。

シークエンスロゴによるモチーフ配列（コンセンサス配列）の表示に使われたりします。

〈WebLogoに必要なパッケージのインストール〉
Weblogoをインストールする前に、「ghostscript」「pdf2svg」「numpy」とpythonの「setuptools」をあらかじめインストールする必要があります。以下、「apt-get」commandを利用してパッケージをインストールしていきたいと思います。

（１）ghostscriptのインストール
$ apt-file search /usr/bin/ghostscript
ghostscript: /usr/bin/ghostscript
⇒パッケージ名を検索。
$ sudo apt-get install ghostscript
[sudo] password for imamachi:
⇒パッケージのインストール。管理者権限により実行。
⇒Ubuntuではデフォルトでインストールされている場合があります。

（２）pdf2svgのインストール
$ apt-file search pdf2svg
docvert-libreoffice: /usr/share/docvert/core/config/unix-specific/convert-using-pdf2svg.sh
pdf2svg: /usr/bin/pdf2svg
pdf2svg: /usr/share/doc/pdf2svg/changelog.Debian.gz
pdf2svg: /usr/share/doc/pdf2svg/copyright
pdf2svg: /usr/share/man/man1/pdf2svg.1.gz
ruby-poppler: /usr/share/doc/ruby-poppler/examples/pdf2svg.rb
$ sudo apt-get install pdf2svg
[sudo] password for imamachi:

（３）numpyのインストール
$ apt-file search usr/include/numpy
python-numpy: /usr/include/numpy
$ sudo apt-get install python-numpy
[sudo] password for imamachi:

（４）pythonのsetuptoolsのインストール
$ apt-file search setuptools
python-setuptools: /usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools.egg-info
python-setuptools: /usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools.pth
python-setuptools: /usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/__init__.py
python-setuptools: /usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/archive_util.py
python-setuptools: /usr/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/cli-32.exe
…
$ sudo apt-get install python-setuptools
[sudo] password for imamachi:

〈WebLogoのインストール〉
（１）WebLogoをpythonのsetuptoolsを利用し、インストールする。
$ sudo easy_install weblogo
[sudo] password for imamachi:
Searching for weblogo
Reading http://pypi.python.org/simple/weblogo/
Reading http://code.google.com/p/weblogo/
Best match: weblogo 3.3
Downloading http://weblogo.googlecode.com/files/weblogo-3.3.tar.gz
Processing weblogo-3.3.tar.gz
Running weblogo-3.3/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /tmp/easy_install-uW4jWu/weblogo-3.3/egg-dist-tmp-qHfZq3
warning: no files found matching '*.html' under directory 'weblogolib/htdocs/'
warning: no files found matching '*.cgi' under directory 'weblogolib/htdocs/'
warning: no files found matching '*.*' under directory 'weblogolib/htdocs/'
warning: no files found matching '*.*' under directory 'test_weblogo/data/'
warning: no files found matching '*.*' under directory 'test_corebio/'
warning: no files found matching '*.*' under directory 'test_corebio/data/'
warning: no files found matching '*.html' under directory 'apidocs/'
warning: no files found matching '*' under directory 'corebio/data/'
warning: no files found matching '*.*' under directory 'corebio/data/'
zip_safe flag not set; analyzing archive contents...
corebio.data: module references __file__
weblogolib._cli: module references __file__
weblogolib.__init__: module references __file__
weblogolib._cgi: module references __file__
Adding weblogo 3.3 to easy-install.pth file
Installing weblogo script to /usr/local/bin
Installing transformseq script to /usr/local/bin

Installed /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/weblogo-3.3-py2.7.egg
Processing dependencies for weblogo
Finished processing dependencies for weblogo
⇒途中、警告文が出ているが、インストール自体はうまく行っているよう。

（２）WebLogoがインストールされているか確認する。
$ weblogo --version
WebLogo 3.3 (2012-07-02)

〈Weblogoを実行する〉
$ weblogo -f INPUT_file.fasta -o OUTPUT_file.png -F png
⇒実行例。他のオプションについてはWebLogoのサイトを確認。

・オプション
-f: INPUTファイルの指定（fasta format）
-o: OUTPUTファイルの指定（とりあえず拡張子もつけておく。）
-F: OUTPUTファイルのファイルフォーマットの指定。

〈参考文献〉
・Sequence logo - Wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo
・WebLogo 3 : User's Manual
http://weblogo.threeplusone.com/manual.html