2013年3月21日木曜日

パスの通し方(Linux OS, Ubuntu)


Ubuntu(Linux OS)で起動時に自動的に読み込まれるように、パスを通してみたいと思います。

(1)現在のパスを確認。
$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games

(2)パスを通したいコマンドのバイナリファイルの場所を確認。
$ cd /home/imamachi/file/samtools-0.1.19 #任意のファイルの場所に移動

$pwd #ファイルの場所を確認
/home/imamachi/file/samtools-0.1.19

(2)cdコマンドであらかじめルートディレクトリに移動。
$ cd

(3)viエディタを使って、「.profile」を開く。
$ vi .profile

# ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells.
# This file is not read by bash(1), if ~/.bash_profile or ~/.bash_login
# exists.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files for examples.
# the files are located in the bash-doc package.

# the default umask is set in /etc/profile; for setting the umask
# for ssh logins, install and configure the libpam-umask package.
#umask 022

# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
    # include .bashrc if it exists
    if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
        . "$HOME/.bashrc"
    fi
fi

# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
    PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi

(4)最終行に「export PATH="$PATH:/home/imamachi/file/samtools-0.1.19"」を入力
〈注意点〉
・ダブルクオーテーション「"」をつけ忘れないこと。
・$PATHのあとに「:」を忘れないこと。

〈viエディタ入力方法〉
・主なコマンド
 :q! 保存せずに終了
 :wq 保存して終了
 :i 現在のカーソル位置から文字を挿入
 :A 現在行の末尾に文字を挿入
 :x 一文字削除
 :ESC コマンドモードへ移行
などなど

〈参考サイト〉
・viの使い方/基本操作
http://www.envinfo.uee.kyoto-u.ac.jp/user/susaki/command/vi.html

〈例〉
export PATH="$PATH:/home/imamachi/Download/sratoolkit.2.3.1-ubuntu64/bin:/home/imamachi/Download/samtools-0.1.19"
とか。

(5)変更をすぐに反映させる。
$ source ~/.profile

(6)変更できているか確認
$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/imamachi/file/samtools-0.1.19

(7)コマンドが実際に使用できるか確認
$ samtools #任意のコマンドを入力

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