2013年3月21日木曜日
パスの通し方(Linux OS, Ubuntu)
Ubuntu(Linux OS)で起動時に自動的に読み込まれるように、パスを通してみたいと思います。
(1)現在のパスを確認。
$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games
(2)パスを通したいコマンドのバイナリファイルの場所を確認。
$ cd /home/imamachi/file/samtools-0.1.19 #任意のファイルの場所に移動
$pwd #ファイルの場所を確認
/home/imamachi/file/samtools-0.1.19
(2)cdコマンドであらかじめルートディレクトリに移動。
$ cd
(3)viエディタを使って、「.profile」を開く。
$ vi .profile
# ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells.
# This file is not read by bash(1), if ~/.bash_profile or ~/.bash_login
# exists.
# see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files for examples.
# the files are located in the bash-doc package.
# the default umask is set in /etc/profile; for setting the umask
# for ssh logins, install and configure the libpam-umask package.
#umask 022
# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
# include .bashrc if it exists
if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
. "$HOME/.bashrc"
fi
fi
# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi
(4)最終行に「export PATH="$PATH:/home/imamachi/file/samtools-0.1.19"」を入力
〈注意点〉
・ダブルクオーテーション「"」をつけ忘れないこと。
・$PATHのあとに「:」を忘れないこと。
〈viエディタ入力方法〉
・主なコマンド
:q! 保存せずに終了
:wq 保存して終了
:i 現在のカーソル位置から文字を挿入
:A 現在行の末尾に文字を挿入
:x 一文字削除
:ESC コマンドモードへ移行
などなど
〈参考サイト〉
・viの使い方/基本操作
http://www.envinfo.uee.kyoto-u.ac.jp/user/susaki/command/vi.html
〈例〉
export PATH="$PATH:/home/imamachi/Download/sratoolkit.2.3.1-ubuntu64/bin:/home/imamachi/Download/samtools-0.1.19"
とか。
(5)変更をすぐに反映させる。
$ source ~/.profile
(6)変更できているか確認
$ echo $PATH
/usr/lib/lightdm/lightdm:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/home/imamachi/file/samtools-0.1.19
(7)コマンドが実際に使用できるか確認
$ samtools #任意のコマンドを入力
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