Linux基本コマンド「ls」「cd」「less」

産総研で開催された「次世代シークエンサー解析入門」の復習として、その内容をまとめていこうと思います。とはいえ、更新ペースは週一ぐらいで。

まずはLinux基本コマンドについて。
ずばり覚えるべきコマンドはたったの３つ。

「ls」　「cd」　「less」　の３つです。

これらコマンドの基本的な機能は以下のとおりになります。

（１）ls
カレントディレクトリ中のファイル・ディレクトリを表示させる。
〈具体例〉
imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ ls 
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（２）cd
ディレクトリを移動する。
〈具体例〉
imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ ls
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imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ cd Download
imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$ ls
refGene.txt

imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ cd
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⇒「cd」だけ打つと、ルートディレクトリへ戻れる。

imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ cd ..
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⇒「cd ..」と打つと、ひとつ上の階層のディレクトリへ移動できる。

（３）less
ファイルの中身を表示する。

〈具体例〉
imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ ls
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imamachi@imamachi-virtual-machine:~$ cd Download/
imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$ ls
refGene.txt
imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$ less refGene.txt 
790     NR_026775       chr6    +       26924771
26991753        26991753        26991753        3
26924771,26936236,26991032,     26924962,26936301,26991753,
0       LINC00240       unk     unk     -1,-1,-1,
…

ここまでは基本的な機能について紹介してきましたが、「ls」　「cd」　「less」には他にもオプションをつけることができます。

（１）ls -l
「ls」に「-l」のオプションをつけることによって、さらにカレントディレクトリ中のファイル・ディレクトリの詳細について表示させることができます。

〈具体例〉
imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$ ls -l
合計 14256
-rw-rw-r-- 1 imamachi imamachi  1052432  2月  3  2012 liftOver
-rw-rw-r-- 1 imamachi imamachi  1052432  2月  3  2012 liftOver(1)
-rw-rw-r-- 1 imamachi imamachi 12491136  3月 10 22:38 refGene.txt
imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$

（３）less -S

「less」に「-S」のオプションをつけることによって、改行コードが入っていなくてもウインドウサイズに合わせて折り返されていた文字列を、改行コードが入っているときのみ折り返して表示してくれます。（ただし、このオプションをつけると、ウインドウに入りきらなかった部分に関しては見せてくれません。）

〈具体例〉

imamachi@imamachi-virtual-machine:~/Download$ less -S refGene.txt 

790     NR_026775       chr6    +       26924771        26991753

216     NM_007188       chr7    +       150725509       150744869

1152    NM_001242928    chr14   +       74353317        74398991

1645    NM_197964       chr7    +       139025877       139031065

257     NM_197962       chr1    -       193065594       193074608

135     NM_197961       chr15   -       65737997        65810035

⇒恥ずかしながら、講習会で初めて知りました。へたに文字列を折り返されると読みにくいファイルに関しては、このオプションを利用すると便利ですね。特に、よく使うBED, GTF, SAM, FASTQファイルの中身を見たいときには有効かな。

今日はここまで。

ちなみに
・VMware(R) Player 5.0.2 build-1031769
・Ubuntu 12.04 LTS
を利用して上記のコマンドを実行してます。