Weederで予測されたモチーフ配列を視覚化するために、予測されたモチーフ配列に対してそれぞれのweblogo用のfastaファイルが生成させるスクリプトです。
このスクリプトに通した後、生成されたfastaファイルを一つ一つweblogoで視覚化。
#!/usr/local/bin/perl
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#Weeder2weblogo#####################
#var1.0_Perl
#update: 2012.4.8
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use strict;
use warnings;
my $file = $ARGV[0];
my $number = $ARGV[1];
#main####################################################
open (IN,"<./$file\.wee") || die;
my $flg_gene=0;
my $flg=0;
my $filehandle = 1;
my $count = 1;
my %gene_ID;
while(my $line = <IN>){
#Gene_ID
if($line =~ /^Your sequences/){
$flg_gene = 1;
next;
}elsif($flg_gene == 1){
$flg_gene = 2;
next;
}elsif($flg_gene == 2 && $line eq "\n"){
$flg_gene = 0;
next;
}elsif($flg_gene == 2){
my @data = split(/\s+/,$line);
$gene_ID{$data[1]}=$data[3];
next;
}
#Sequence_data
if($line =~ /^Best occurrences/){
if($filehandle == 0){
close(OUT);
$count++;
}else{
$filehandle = 0;
}
open (OUT,">./$file\#$count\.fasta") || die;
$flg = 1;
next;
}elsif($flg == 1){
$flg = 2;
next;
}elsif($line eq "\n" && $flg == 2){
$flg = 0;
next;
}elsif($flg == 2){
if($line =~ /^\s+/){
$line =~ s/^\s+//;
}
my @data = split(/\s+/,$line);
if($data[2] =~ /^\[/){
$data[2] =~ s/\[//;
$data[2] =~ s/\]//;
}
print OUT "$gene_ID{$data[0]}\n";
print OUT "$data[2]\n";
next;
}
}
close(IN);
close(OUT);
print "...process successfully completed\n";
〈使用方法〉
$ perl Weeder2weblogo INPUT_file ⇒INPUT_fileの拡張子は「.wee」にしておくこと。 （Weederからの出力ファイル「.wee」を利用しているので、拡張子を変更しないように。）〈ダウンロード先〉
・github -non-bioinformatician_NGS_analysis
https://github.com/Naoto-Imamachi/non-bioinformatician_NGS_analysis
