FASTX-toolkitをインストールする（Linux OS, Ubuntu）

FASTX-toolkitはFASTA・FASTQファイルの処理を行うことができるソフトウェアです。クオリティの高いリードを選抜したり、タグ配列の除去などに利用できます。

〈FASTX-toolkitのダウンロード〉
（１）下記のFASTX-toolkitのサイトへ移動。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/index.html

（２）メニューの「Download & Installation」をクリック。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html

（３）「Download」の項にファイルが置いてあるので、
・fastx_toolkit-0.0.13.2.tar.bz2
・libgtextutils-0.6.1.tar.bz2
をそれぞれダウンロードする。

〈FASTX-toolkitのインストール〉
FASTX-toolkitには「libgtextutils-0.6」が必要となります。そこで、まずこのファイルをインストールしましょう。

#ファイルの解凍
$ bzip -d libgtextutils-0.6.1.tar.bz2
$ tar xvf libgtextutils-0.6.1.tar

#ディレクトリの移動
$ cd ./libgtextutils-0.6.1

#コンパイル（インストール）
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

#ファイルの解凍
$ bzip -d libgtextutils-0.6.1 fastx_toolkit-0.0.13.2.tar.bz2
$ tar xvf libgtextutils-0.6.1 fastx_toolkit-0.0.13.2.tar

#ディレクトリの移動
cd ./fastx_toolkit-0.0.13.2

#コンパイル
$ ./configure
$ make

#パスを通す
$sudo cp ./bin/* /bin

⇒「*」は任意の文字列を表すメタ文字（ここでは、すべてのファイル名とマッチする）。

⇒今回はもともとパスの通っている「/bin」ディレクトリにファイルをコピペしましたが、もちろん「.profile」ファイルにパスを通す先のディレクトリの場所を書き加えてもOKです。

FASTX-toolkitのコマンドのうち、
・fasta_clipping_histogram
・The fastx_barcode_splitter
・The fastq_quality_boxplot
 の３つについては追加でPerlのモジュールやいくつかのソフトウェアをインストールする必要があります。個人的に、これら３つは今まで使ったことがないので、インストール方法については割愛します。

よくよくマニュアルをみてみると、「The fastx_barcode_splitter」を使ってFASTQファイルを分割できるようで、小さく分割したFASTQファイルを並列処理させる場合に使えそうですね。

〈参考文献〉
-FASTX-Toolkit_Command-line Usage
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/commandline.html