BEDToolsをインストールする（Linux OS, Ubuntu）

「BEDTools」とは、SAM, GTF, BEDなどのファイル形式のデータを加工・処理するために開発された解析支援ツールです。

BEDツール同士を比較したり、BEDファイルからFASTAファイルへの変換を行ったり、BAMファイルからBEDファイルへの変換を行ったりできます。

いろいろな機能があるので、それらについての詳細はおいおい説明していければと思います。

今回は、その「BEDTools」のインストール方法についてのメモになります。

〈BEDToolsのダウンロード〉
（１）下記のbedtoolsのサイトへ移動。
https://code.google.com/p/bedtools/

（２）「Downloads」をクリック。
https://code.google.com/p/bedtools/downloads/list

（３）「BEDTools.v2.17.0.tar.gz」と書かれたファイルが置いてあるので、それをクリックする。
BEDTools.v2.17.0.tar.gz

（４）「File: BEDTools.v2.17.0.tar.gz 1.2MB」の部分をクリック。
https://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.v2.17.0.tar.gz

〈BEDToolsのインストール〉

$ tar zxvf BEDTools.v2.17.0.tar.gz

$ cd bedtools-2.17.0/

$ make

#「.profile」ファイルを書き換える方法
$ vi ~/.profile
⇒最終行に、「export PATH="$PATH:/home/bowtie.XX.XX/…/任意のパス/bedtools-2.17.0"」を追加

$ bedtools --version
bedtools v2.17.0
⇒バージョンの確認。