Non-BioinfomaticianによるNGS解析メモ
2013年8月3日土曜日
sortBed: bedファイルをソートする
bedファイルをsortコマンドでソートしようとしたことがあるのですがこれが意外と難しい(´・ω・`)
そこで便利なのが、BedtoolsのsortBedコマンドです。
sortBed -i /path/to/INPUT.bed > OUTPUT.bed
BED, GFF, VCFの3種類のファイルに対応しており、これらのファイルをソートすることができます。
〈参考文献〉
The BEDTools suite
http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/sort.html
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