2012年12月24日月曜日

RNA-seqのデータをUCSC genome browser上で視覚化する(3)

前回作成したcustom trackや他の既存のトラックの組み合わせを保存しておきたいといったとき、どうすればよいか。そんなとき、UCSC genome browserが提供する「Sessions」と呼ばれるトラック管理機能を使うと便利です。

〈主なステップ〉
1. Track linesの記述
2. データのアップロード
3. データの管理方法

3. データの管理方法
(1)UCSC genome browserのトップページから、上にあるメニューの「Session」をクリック

(2)Sign in to UCSC Genome Bioinformaticsの「Login」
⇒アカウントを持っていない場合は、「Creat an account」からアカウントを作成してください。

(3)Session ManagementのSave Settingsにある「Save current settings as named session」でセッションの名前を入力し、「Submit」をクリック
⇒他の人と、そのセッションを共有したい場合は「allow this session to be loaded by others」にチェックを入れると、他の人もそのセッションを閲覧可能になる。

(4)My sessionsに先ほど作ったセッションが登録される。link to sessionの「Browser」をクリックすることで保存したトラックを閲覧でき、share with others?にチェックを入れることで他の人の閲覧が可能となる。
⇒各セッションのBrowserのURLから直接自分の組み合わせたトラックにアクセスできるので、そのURLを他の人に教えることで、他の人とデータを共有することができる。(セキュリティ上の問題などがあるので、注意して使用する必要あり。)

ちなみに、Custom trackとしてアップロードしたデータは、4ヶ月以上アクセスしないで放置していると、データが消えてしまうので注意してください。

〈参考〉
■UCSC genome browser -Sessionの使用方法について
http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hgSessionHelp.html


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