grep: and / or条件での検索

Linuxのコマンドの１つである「grep」でAND条件・OR条件での検索に関するメモ。

（１）AND検索
パイプ「|」でつなぐことでgrepコマンドのAND検索が可能になります。

grep "chr6:125111" INPUT.txt | grep "1:0:0" > OUTPUT.txt

（２）OR検索
grepのあとの"ダブルクオーテーション"内に検索したいキーワード（もしくは正規表現）を記述しますが、キーワード（例えばA\|B）の間を「\|」(バックスラッシュとバーティカルバー)で区切ることで、OR検索が可能になります（例えばAもしくはB）。

grep "chr6:125111\|chr6:125112" INPUT.txt > OUTPUT.txt

sortBed: bedファイルをソートする

bedファイルをsortコマンドでソートしようとしたことがあるのですがこれが意外と難しい(´・ω・`)

そこで便利なのが、BedtoolsのsortBedコマンドです。

sortBed -i /path/to/INPUT.bed > OUTPUT.bed

BED, GFF, VCFの３種類のファイルに対応しており、これらのファイルをソートすることができます。

〈参考文献〉
The BEDTools suite
http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/sort.html